본문 바로가기

분류 전체보기20

생명정보학 분석을 위한 기본, 우분투 기본 명령어1 (폴더 및 이동 관련 명령어) 앞선 내용에서는 생명정보학을 분석하기 위해서는 리눅스 즉, 우분투를 사용해야 한다고 말하고 우분투를 설치해 보았습니다. 그렇다면 이번에는 설치한 우분투에서 사용하는 기본적인 명령어들에 대해서 알아보겠습니다. 저도 컴퓨터 공학이 전공이 아니기 때문에 주로 사용하는 명령어들을 제외하면 아직 리눅스에 대해서 모르는 게 더 많습니다. 하지만 생명정보학자라면 사용하는 필수적인 명령어들 정도는 알고 있기에 그 정도만 포스팅해 보도록 하겠습니다. 아래 화면은 우분투를 처음 설치하면 나오는 화면입니다.생소하겠지만 쉽게 말해서 우리가 윈도우를 이용해서 편하게 마우스를 더블클릭하며 사용했던 화면이, 약간은 어렵게 명령어를 입력해서 조작해야 하는 화면이 됐다고 보면 됩니다. 그리고 추가로 위 화면은 필자가 우분투를 사용하기.. 2022. 5. 9.
생명정보학 시작하기, linux란? linux 설치하기 (우분투 Ubuntu 설치 USB 이용) 생명정보학을 다룬다는 것은 방대한 생명체에 대한 정보를 다루는 일입니다. 그러므로 그 방대한 정보를 다루는 일에는 큰 컴퓨팅 파워가 필요하죠. 보통 일반인이 쉽게 접하고 있는 윈도우에서는 이러한 일을 빠르게 컴퓨터 thread 수를 조절하면서 다루는 데에는 한계가 있기 때문에 생명정보학의 정보를 만지기 위해서는 linux 운영체제를 사용하게 됩니다. 일반인들은 생소할 수 있는 linux는 1991년 리누스 토르발스가 처음 출시한 유닉스 계열의 운영 체제입니다. MAC OS(macOS)는 리눅스가 아니라 BSD 계열(Darwin)을 기반으로 합니다. 리눅스와는 뿌리가 다르지만 둘 다 유닉스 계열이라 터미널 명령어나 사용 감각은 상당히 비슷합니다. 그래서 몇몇 생명정보 분석 도구에는 MAC OS에서도 사용할.. 2022. 5. 9.
생명정보학의 기본, 시퀀싱과 시퀀싱 결과에 대한 이해 생명정보학에서 가장 근본이 되는 분석은 DNA의 염기서열을 분석하는 것입니다. 이를 행하기 위해 DNA 염기서열을 시퀀싱 (sequencing)을 하게 됩니다. DNA 염기서열 결정 과정은 DNA에서 뉴클레오타이드가 나열되는 순서인 염기서열을 결정하는 단계입니다. DNA 염기서열에는 A, G, C, T, 즉, 아데닌, 구아닌, 사이토신 그리고 티민의 4종류의 염기가 순서를 결정해서 3개의 염기가 트리플렛 코드를 구성하여 하나의 아미노산이 됩니다. 이러한 트리플렛 코드들이 많이 모여서 결과적으로 하나의 단백질을 나타내는 코드가 되게 되는 것이죠. 상기 트리플렛 코드는 코돈이라고 합니다. 인간의 단백질은 약 20여 가지 종류의 아미노산을 이용해 적절한 펩타이드 결합을 통해서 구성하게 됩니다. 이렇게 인간 및.. 2022. 5. 9.
생명 뭐? 생명공학? 생명정보학? 생명정보학이 뭔데 생명정보학 또는 생물정보학은 영어로는 bioinformatics라고 하고 모든 생물학적인 문제를 컴퓨터로 해결, 예측하려는 학문을 말합니다. 그 안에는 응용수학, 통계학, 인공지능, 생화학, 화학, 정보과학 등이 들어 있죠. 그래도 주로 하는 작업이나 연구는 DNA 서열, 유전자 조합, 단백질에 관련된 구조 검색 및 예측, 단백질들 간에 상호작용이 있습니다. 생명정보학은 쉽게 말해서 컴퓨터로 생물 연구하는 분야라고 생각하면 됩니다. 그럼 생명정보학의 시작은 어떻게 된 것일까요? 1950년대에 영국의 앨런 튜링 박사가 시작이었다고 합니다. 앨런 튜링은 사실 어떻게 보면 수학자인데, 21세기에 나온 영화 중에 '이미테이션 게임'이라는 게임이 있는데, 그 영화 속 내용의 주인공이죠. 앨런 튜링이 작성한 자연적.. 2022. 5. 9.
반응형